Clujul este singurul oraș cu două grădini botanice. Cea mare este administrată de Universitatea Babeș-Bolyai, iar Universitatea de Științe Agricole și Medicină Veterinară a creat una mai restrânsă.
Universitățile clujene au creat adevărate oaze de verdeață în centrul Clujului. Universitatea Babeș-Bolyai gestionează Grădina Botanică de lângă Institutul Oncologic. Această grădină a fost creată în anul 1872 de savantul Samuel Brassai. După Marea Unire, această grădină botanică a fost regândită și reorganizată de marele naturalist Alexandru Borza, care, exact acum o sută de ani, a fondat serele care adăpostesc arbori exotici, de la specii de palmieri la citrice sau bananieri. Această oază este faimoasă pentru grădina sa în stil japonez, precum și pentru cele peste 10.000 de plante îngrijite de specialiștii universității. Suprafața grădinii este de peste 14 hectare, iar ansamblul a fost declarat drept monument istoric.
Cea de-a doua grădină botanică a fost amenajată în campusul Universității de Științe Agricole și Medicină Veterinară. În centrul acestei grădini se află Centrul pentru Biodiversitate, fondat pe ruinele unei foste abații benedictine. În apropierea centrului se află un iaz cu nuferi. Vizitatorii acestei grădini pot admira inclusiv smochini aclimatizați la Cluj. În fine, de câteva săptămâni, pe strada Avram Iancu, a fost creată încă o oază de verdeață, care, de data aceasta, aparține Academiei Române. Este vorba chiar de grădina filialei clujene a Academiei, un spațiu dominat de un stejar secular, care a fost amenajat pentru a găzdui evenimente culturale și academice.